Luteranizm ograniczał się w zasadzie do miast, gdzie znaczny procent ludności był pochodzenia niemieckiego, podczas gdy kalwinizm okazał się religią atrakcyjną dla szlachty. Ale i kalwini byli podzieleni między sobą. W 1562 r. długotrwały spór między skrzydłem konserwatywnym i radykalnym doprowadził ostatecznie do schizmy. Radykałowie odłączyli się i jako „arianie" podjęli jeden z najwcześniejszych i najbardziej gruntownych eksperymentów w Europie, polegających na próbie powrotu do pierwotnego chrześcijaństwa.
Po stłumieniu przez Zygmunta I powstania w Gdańsku w r. 1526, a następnie po niepowodzeniu Batorego w wojnie z tym miastem w r. 1577, luteranie na ponad sto lat otrzymali skuteczną ochronę przed interwencjami z zewnątrz. Uzyskawszy gwarancję bezpieczeństwa w postaci kart praw i przywilejów miejskich oraz obietnic tolerancji ze strony króla, udzielonych im przez Zygmunta Augusta, a następnie potwierdzonych przez Stefana Batorego, luterańscy mieszczanie cieszyli się swobodą w dziedzinie uprawiania praktyk religijnych.
Toruń - dawny kościół ewangelicki, obecnie rzymskokatolicki akademicki pw. Świętego Ducha Ich działalność intelektualna w naturalny sposób skupiała się wokół uniwersytetu w Królewcu, założonego w 1544 r. przez Abrahama Kulwiecia (Culvensisa, 1510-45), litewskiego uchodźcy z Wilna, oraz wokół słynnego gimnazjum w Gdańsku. Patronowały im najpierw Bona Sforza, a później Anna Waza, protestantka, siostra Zygmunta III. Jeśli już powstawały jakieś sprzeciwy, to kierowały się one przeciwko kalwinom w tej samej mierze, co przeciwko katolikom. Wbrew wrażeniu stworzonemu w czasach późniejszych, rozkwitał jednak duch ekumenizmu.
W tym kontekście dzieje Torunia mogą posłużyć za pierwszorzędny przykład ukazujący, jak łatwo odchodzi w zapomnienie długotrwały okres zgody, podczas gdy jakiś jeden sensacyjny moment klęski jest przez długie stulecia pieczołowicie przechowywany w pamięci. W r. 1595 to w przeważającej mierze niemieckie miasto gościło uczestników synodu protestanckiego, zwołanego dla wyrażenia poparcia dla konfederacji warszawskiej. W r. 1645 odbyło się tu międzywyznaniowe colloquium charitativum, którego inicjatorem był król Władysław IV.
Przez szereg miesięcy duchowni protestanccy i katoliccy w atmosferze powściągliwości i wzajemnego szacunku omawiali istniejące między nimi różnice teologiczne i praktyczne. Chociaż nie osiągnięto żadnych ostatecznych wniosków, to jednak dowiedziono, że chrześcijańska miłość bliźniego wciąż jeszcze potrafi triumfować nad sekciarską bigoterią. W 1674 r. pewien hiszpański dyplomata, który odwiedził Toruń w drodze na elekcję Sobieskiego, odnotował ten fakt z przyjemnym zdziwieniem:
W tym mieście, jako też na pozostałym obszarze prowincji (...) dozwala się wolne praktyki w przestrzeganiu dwóch religii - katolickiej i luterańskiej. Wyznawcy tej drugiej zajmują główne kościoły tego miejsca, gdy katolicy mają ku swej dyspozycji dwie budowle nabożeństwu służące - jedną należącą do dominikanów, drugą zaś do Towarzystwa Jezusowego, a tam sprawują święte obrządki z wielkim przepychem i wspaniałością (...) Wszyscy oni wszakże żyją w wielkiej ze sobą harmonii, będąc wolnymi od sporów czy kłótni w sprawach wiary - to zaś jest drogą najlepszą do zachowania pokoju.
Nikt nie mógł przewidzieć, że ten jeden jedyny incydent, który miał nastąpić w pięćdziesiąt lat później, na zawsze wyciśnie na tym mieście piętno katolickiego fanatyzmu.
Toruń był jednym z tych miast niemieckich, których odrębne przywileje określał akt inkorporacyjny Prus Królewskich z r. 1454; potwierdzone one zostały w ramach traktatu oliwskiego z r. 1660. Liczba niemieckiej ludności luterańskiej znacznie przewyższała liczbę katolików.
Toruń - dawny kościół ewangelicki, obecnie rzymskokatolicki Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny 16 lipca 1724 r. przejście ulicami miasta procesji katolickiej z okazji święta Najświętszej Maryi Panny zakłóciła uliczna bitka między studentami kolegium jezuickiego a grupką luterańskich gapiów. Według jezuitów, cała sprawa zaczęła się od tego, że pewnemu mieszczaninowi, luteraninowi, który odmówił zdjęcia kapelusza przed przechodzącą procesją i wykrzykiwał pod adresem jej uczestników obelżywe słowa, jeden ze studentów przemocą zdjął nakrycie głowy.
Według luteranów natomiast, studenci kazali mieszczanom uklęknąć na ulicy. 17 lipca rozpoczęły się rozruchy na szerszą skalę. Katolicy, nie uzyskawszy zwolnienia jednego z kolegów, aresztowanego przez burmistrza, zaczęli chwytać na ulicach luterańskich zakładników. W akcie odwetu miejski tłum rzucił się na budynek kolegium, zdemolował jego wnętrze, a meble spalił na stosie na miejskim rynku. Według jezuitów, winę za te wydarzenia ponosiły władze miejskie, które patrzyły przez palce na ekscesy motłochu. Według luteranów, winni byli wyłącznie studenci, którzy szaleli po mieście z mieczami w rękach i strzelali z budynku kolegium do straży wysłanej przez burmistrza dla jego obrony.
Według relacji, które obiegły katolicką Polskę, największe oburzenie wywołało podpalenie posągu Najświętszej Maryi Panny, czemu miały towarzyszyć szydercze okrzyki „A teraz ratuj się, kobieto!" W odpowiednim czasie, na podstawie świadectwa jezuitów, mieszkańców miasta oskarżono przed sądem kanclerskim w Warszawie o wzniecanie buntu; 16 listopada wydano w ich sprawie wyrok.
Burmistrz miasta, Roessner, oraz jego zastępca, Czemich, zostali skazani na śmierć przez ścięcie za zaniedbywanie obowiązków płynących ze sprawowanych przez nich urzędów oraz „zachęcanie tym sposobem do wybuchu buntu i tumultu pośród gminu". Mieszczanie Harder i Moab oraz trzynastu innych mieszkańców miasta również miało zostać straconych; uznano ich za przywódców napadu na jezuickie kolegium. Dwóch innych - Carwise i Schultz - miało zostać poćwiartowanych, a następnie spalonych za profanację Najświętszej Maryi Panny. W dalszym ciągu wyroku następowała długa lista osób ukaranych grzywną oraz skazanych na banicję i konfiskatę mienia. Możliwości apelacji nie dopuszczono.
Pod koniec miesiąca pod bramami miasta zjawił się Jakub Rybiński, wojewoda chełmiński, z regimentem żołnierzy i rozpoczął egzekucję wyroków. Skazańcom obiecano łaskę pod warunkiem nawrócenia się na katolicyzm. O świcie 7 grudnia 1724 r. został ścięty burmistrz Roessner. Jego ostatnie słowa brzmiały: „Niechaj was zadowoli moje ciało; moja dusza należy do mojego Zbawiciela". Następnie rozpoczęto torturowanie ofiar, które łamano kołem, katowano batogiem i palono.
Ostatecznie uratowało się dwóch ludzi; jeden z nich, Heyder, nawrócił się pod samą szubienicą, drugiemu, Jakubowi Henrykowi Czemichowi, zastępcy burmistrza, darowano życie na mocy aktu łaski z rąk samego króla. Kościołowi katolickiemu przekazano luterańską szkołę, kaplicę oraz oficynę drukarską. I tak zakończył się „tumult toruński",
der Thorner Blutbad. W polskich pracach historycznych wspomina się o nim rzadko. Było to natomiast jedyne wydarzenie, dzięki któremu w protestanckiej Europie, zwłaszcza zaś w Anglii, zapamiętano miejsce narodzin Kopernika.
Egzekucja protestantów
W Londynie sprawa toruńska stała się główną sensacją dnia. Już 2 grudnia, przed rozpoczęciem egzekucji, król pruski wystosował list do Jerzego I w celu pobudzenia uczuć Anglików. „Wściekłość rzymskiego kleru dosięgła takich wyżyn", pisał, „że dąży on teraz usilnie nie tylko do całkowitej ruiny miasta Thom, ale także do zupełnego wytępienia wszystkich innowierców w tym królestwie".
W styczniu już cały kraj pałał oburzeniem. „The Historical Register", główne londyńskie źródło doniesień z zagranicy, zamieszczał bardzo szczegółowe informacje, o których dostarczenie usilnie zabiegał Berlin. Czytelników uraczono po kolei tekstem traktatu oliwskiego, „Relacją rady miejskiej miasta Thom z tumultu, jaki się tam wydarzył zeszłego lipca", „Streszczeniem przebiegu sprawy toruńskiej, tak jak je opublikowano w Berlinie w niemieckim języku", „Konstytucjami sejmu Polski i Litwy z roku 1724" oraz pełną korespondencją, jaką król Prus prowadził z Ich Królewskimi Mościami Polski, Anglii, Rosji, Danii, Szwecji, Francji, Sardynii oraz Cesarstwa. Co zaś najdziwniejsze, uraczono ich także pewną liczbą „prawdziwych i wiernych relacji katolickich" z całej sprawy, zręcznie wyważonych, tak aby odniosły skutek przeciwny do zamierzonego przez ich rzekomo jezuickich autorów. Aby nie było żadnych nieporozumień, angielski wydawca dodał własny komentarz:
Któż potrafi bez oburzenia czytać ową obrzydliwą Relację (...) a także bez przywodzenia na pamięć bezbożnych Doktryn tego Piekielnego Stowarzyszenia? (...) List Jego Królewskiej Mości Króla Prus (...) sam już w sobie wystarcza dla obalenia wszelkiego Zaufania (...) do Jezuitów, których się słusznie oskarża o wywołanie Tumultu, po to, aby oczernić Postępowanie Protestantów, jako też ich obwinić o Obrzydliwe Gwałty.
Bez względu na to, kto miał rację, a kto jej nie miał, jeśli chodzi o same rozruchy, nie pozostaje żadna wątpliwość co do tego, że Prusy systematycznie wyzyskiwały te wydarzenia dla swoich własnych niecnych celów. Już od kilkudziesięciu lat Hohenzollernowie próbowali nakłonić niemieckie miasta Prus Królewskich do wymówienia posłuszeństwa Rzeczypospolitej. Pieczołowicie wyolbrzymiali krzywdy doznawane przez protestancką społeczność luterańską, po czym rozgłaszali je po całej Europie. Bez przerwy podbechtywali Rosjan - jeśli takie podbechtywanie w ogóle było potrzebne - aby podjęli podobne działania na rzecz ludności prawosławnej. Ich werbownicy działali w Toruniu i w wielu innych miejscach. Zamieszki w 1724 r. były dla nich prawdziwym uśmiechem losu.
Natomiast dla szlachty polskiej i litewskiej była to ostatnia z długiej serii prowokacji, która skłoniła ich do podjęcia fatalnej w skutkach zemsty. Przez wszystkie lata wielkiej wojny północnej (1700-21) patrzyli, jak ich kraj rozdzieraj ą wewnętrzne rozłamy oraz niszczą inwazje z zewnątrz, podejmowane przez tych, którzy walczyli między sobą o objęcie patronatu nad „dysydentami". Docierały do nich z pierwszej ręki informacje o bijącej w oczy nietolerancji uprawianej przez wszystkich tych bojowników o tolerancję religijną. W swej bezradności rzucali się do walki w nagłych atakach desperacji, które obracały się przeciwko nim samym.
W 1717 r. sejm podjął decyzję o ograniczeniu praw innowierców, w r. 1718 zaś wydalił ze swego grona jedynego pozostałego posła niekatolickiego, Andrzeja Piotrowskiego. W odpowiedzi dowiedzieli się, że luterański synod Rzeczypospolitej, obradujący spokojnie w obrębie chronionych przywilejem murów Gdańska, otwarcie nawołuje do interwencji obcych mocarstw, aby zapobiec „zniewalaniu innowierców". Celem przykładnego ukarania mieszkańców Torunia był najwyraźniej zamiar dania luteranom dobrej nauczki. Zwracając uwagę na administracyjny charakter przestępstwa popełnionego przez burmistrza Roessnera, starano się podkreślić potrzebę obywatelskiego posłuszeństwa. Skutek był oczywiście odwrotny. Wyrok rozpalił te religijne namiętności, które miał poskromić, sąsiadom Rzeczypospolitej zaś dostarczył pretekstu do wtrącenia się w jej sprawy, z którego odtąd korzystano aż do końca jej istnienia